Nacido en Madrid el 5 de enero de 1823, comenzó su carrera pública como secretario de su padre, Francisco de Borja Magariños cuando éste fue designado como ministro plenipotenciario ante la Corte de Brasil en 1841.
Ingresó al Ministerio de Relaciones Exteriores en 1846, donde pasó a desempeñarse como Oficial Mayor.
Recibido de abogado en 1853, fue designado ministro de Gobierno y Relaciones Exteriores en 1854, pasando poco después a ocupar una banca por Montevideo en la Cámara de Representantes.

Miembro del Tribunal de Apelaciones, en 1865 fue nombrado presidente del Tribunal de Justicia.
Cónsul General y Encargado de Negocios en Francia en 1868, regresó al país en 1872 y en 1876 fue electo Senador por Montevideo, cargo al que renunció poco después para pasar a desempeñarse nuevamente el ministerio de Relaciones Exteriores.
Fiscal de Hacienda en 1880 y ministro de Gobierno en 1881, sus discrepancias con el presidente Máximo Santos lo alejaron de la función pública.
Periodista, editó y dirigió "El Montevideano" en 1846 y "La Opinión Pública" en 1854.
Iniciado en la Logia Caridad el 7 de febrero de 1859, recibió el grado 3º ese mismo año.
Alcanzó el Grado 33º el 25 de febrero de 1866, pasando a ser miembro activo del Supremo Consejo el 26 de abril del mismo año.
Soberano Gran Comendador entre 1866 y 1868, falleció el 24 de julio de 1884.