Ezequiel Pérez Navia nació en Montevideo el 10 de abril de 1824.
Hijo de Gabriel Pérez y de Manuela Navia, se desempeñó en la administración pública, siendo vocal en la Junta Económico – Administrativa de Montevideo entre 1865 y 1868, dedicándose también al comercio.
Para 1856, año de creación del Gran Oriente del Uruguay, ostentaba el Grado 18º, alcanzó el Grado 33º el 5 de setiembre de 1862, pasando a integrar el Supremo Consejo en calidad de miembro activo el 24 de mayo de 1864.
Lugarteniente Gran Comendador en 1866, fue Soberano Gran Comendador del Supremo Consejo del Grado 33º en 1866 y entre 1868 y 1870.

Venerable Maestro de la Logia Madre Asilo de la Virtud Nº 1 en 1878 y 1882.
Miembro fundador de la Sociedad Filantrópica en 1857, fue secretario de su Comisión Directiva por varios períodos.

Falleció en su quinta del Paso del Molino el 11 de agosto de 1885.